Universitas ini diberi nama Universitas Muhammadiyah Pontianak disingkat UM Pontianak dan merupakan amal usaha Persyarikatan Muhammadiyah.
- Lambang UM Pontianak berbentuk gambar matahari dengan dua belas sinar yang memancar kesegenap penjuru, dengan warna kuning keemasan diambil dari lambang Persyarikatan Muhammadiyah. Ditengah-tengah matahari tertulis Muhammadiyah dengan huruf Arab yang berarti: Pengikut Nabi Muhammad SAW. Pada lingkaran luar sebelah atas tertulis syahadat tauhid dengan huruf Arab: โAsyhadu Anla ilaaha illa Allahโ, yang artinya โSaya bersaksi bahwa tiada Tuhan selain Allahโ. Pada lingkaran luar sebelah luar sebelah bawah tertulis syahadat Rasul dengan huruf Arab: โWa asyhadu anna Muhammad Rasulullahโ, yang artinya โDan saya bersaksi bahwa sesungguhnya nabi Muhammad SAW adalah utusan Allahโ.
- Gambar Matahari adalah benda angkasa luar ciptaan Allah, sinarnya sangat berguna bagi kehidupan. Persyarikatan Muhammadiyah menggambarkan gerak dan manfaatnya bagaikan matahari dengan sinarnya yang selalu memberikan manfaat bagi hidup dan kehidupan manusia.
- Lukisan padi dan kapas terdiri dari 19 dan 12 tangkai, gabungan keduanya menunjukkan tahun berdirinya Persyarikatan Muhammadiyah di Indonesia yang juga berarti lambang kemakmuran dan kesejahteraan yang menjadi cita-cita bangsa yang akan diperjuangkan oleh UM Pontianak.
- Lingkaran segi lima adalah simbol falsafah Pancasila yang berisi lima sila.
- Lambang yang tersebut juga dipergunakan untuk bendera, vandel dan logo resmi lainnya.